关于多序列比对可视化，我们做了一个包

ggmsa

对于多序列比对的可视化，我们大多数时候都是在windows的比对软件上顺带完成的，但是如果想要更加美观和个性化的绘制多序列比对图谱,往往缺乏灵活的手段。基于这种情况，我们开发了ggmsa包('ggplot2' Based Multiple Sequence Alignment)。

安装

截止3月23日，ggmsa的开发本版为0.0.3，CRAN版本为0.0.2(0.0.3版本已经提交)。想要体验的可以通过下形式安装：

##CRAN发行版
install.packages("ggmsa")
##github开发版
if(!requireNamespace("devtools"))
      install.packages("devtools")

devtools::install_github("[e-mail]:YuLab-SMU/ggmsa.git")

使用

ggmsa支持对氨基酸序列和核酸序列可视化，包中收录5种配色方案分别作用于核酸和氨基酸序列(Clustal配色只用于氨基酸)并且支持3种展示字符的字体，目前附带两种小功能geom_seqlogo()和geom_GC()用于可视化核酸序列motif和GC含量。

以包中自带的数据为例，下面将展示ggmsa的使用方法和可视化效果。

序列可视化

library(ggplot2)
library(ggmsa)

## Protein sequences
protein_sequences <- system.file("extdata", "sample.fasta", package = "ggmsa")
ggmsa(protein_sequences, 164, 213, color = "Chemistry_AA")

## DNA sequences
nt_sequence <- system.file("extdata", "LeaderRepeat_All.fa", package = "ggmsa")
ggmsa(nt_sequence, color = "Chemistry_NT")

## null font 
nt_sequence <- system.file("extdata", "LeaderRepeat_All.fa", package = "ggmsa")
ggmsa(nt_sequence, font = NULL, color = "Chemistry_NT")

额外的小功能

## Visualizing multiple sequence alignment with sequence logo
f <- system.file("extdata", "LeaderRepeat_All.fa", package = "ggmsa")
ggmsa(f, font = NULL, color = "Chemistry_NT" ) + geom_seqlogo(f)

## Visualizing multiple sequence alignment with GC content
f <- system.file("extdata", "LeaderRepeat_All.fa", package = "ggmsa")
ggmsa(f, font = NULL, color = "Chemistry_NT" ) + geom_GC(f)

联动-ggtree

因为都是基于ggplot，我们很容易的让ggmsa跟其他ggplot拓展工具联用,做出更多样的可视化效果：

## Visualizing multiple sequence alignment with ggtree
library(Biostrings)
x <- readAAStringSet(protein_sequences)
d <- as.dist(stringDist(x, method = "hamming")/width(x)[1])
library(ape)
tree <- bionj(d)
library(ggtree)
p <- ggtree(tree ) + geom_tiplab()

data = tidy_msa(x, 164, 213)
p + geom_facet(geom = geom_msa, data = data,  panel = 'msa',
               font = NULL, color = "Chemistry_AA") +
    xlim_tree(1)

新的功能

目前正在开发其他新功能，比如在序列中高亮显示miRNA seed .....

同时我们也欢迎您在使用后提出改进意见和更多新功能的要求：https://github.com/YuLab-SMU/ggmsa/issues